Hay varias manchas diferentes que se pueden utilizar para visualizar y fotografiar el ADN después de que el material ha sido separado por electroforesis en gel. Entre las muchas opciones, estas cinco cepas son las más comunes que comienzan con bromuro de etidio, que es el más utilizado. Al trabajar con este proceso, es importante conocer no solo las diferencias entre las cepas sino también los riesgos inherentes a la salud.
01 bromuro de etidio
El bromuro de etidio es probablemente el colorante más conocido utilizado para visualizar el ADN. Este colorante se puede usar en la mezcla de gel, en el tampón de electroforesis o para teñir el gel después de que se haya utilizado. Las moléculas del tinte se adhieren a las cadenas de ADN y emiten fluorescencia bajo luz ultravioleta, mostrándote exactamente dónde están las bandas dentro del gel. A pesar de su ventaja, la desventaja es que el bromuro de etidio es un posible carcinógeno, por lo que debe manejarse con sumo cuidado. Debido a los posibles riesgos para la salud de trabajar con este gel, se han encontrado alternativas. 02 SYBR Gold
El colorante SYBR Gold se puede usar para teñir ADN doble o monocatenario, o para teñir el ARN. SYBR Gold fue una de las primeras alternativas al bromuro de etidio en llegar al mercado y se considera más sensible que el bromuro de etidio. El colorante exhibe una fluorescencia UV 1000 veces mayor una vez que se une a ácidos nucleicos. Luego penetra geles de agarosa gruesos y de alto porcentaje y puede usarse en geles de formaldehído. Debido a que la fluorescencia de la molécula no unida es muy baja, no se requiere decoloración. El titular de la licencia, Molecular Probes, también (desde el lanzamiento de SYBR Gold) desarrolló y comercializó SYBR Safe y SYBR Green, que son alternativas más seguras al bromuro de etidio.
03 SYBR Green
Las manchas SYBR Green I y II (nuevamente, comercializadas por Molecular Probes) están optimizadas para diferentes propósitos. Debido a que se unen al ADN, todavía se consideran mutágenos potenciales y, debido a eso, deben manejarse con cuidado. SYBR Green I es más sensible para usar con ADN bicatenario, mientras que SYBR Green II, por otro lado, es mejor para usar con ADN o ARN monocatenario. Al igual que la popular tinción con bromuro de etidio, estas manchas altamente sensibles emiten fluorescencia bajo luz ultravioleta. 04 SYBR Safe
SYBR Safe fue diseñado para ser una alternativa más segura al bromuro de etidio y otras manchas SYBR. No se considera un desecho peligroso y generalmente puede eliminarse a través de los sistemas de alcantarillado regulares (es decir, por el desagüe), ya que las pruebas de toxicidad indican que no hay toxicidad aguda. Las pruebas también indican que hay poca o ninguna genotoxicidad en células de embrión de hámster sirio (SHE), linfocitos humanos, células de linfoma de ratón y en la prueba de AMES. La mancha se puede usar con un transiluminador de luz azul que causa menos daño al ADN que se visualiza y ofrece una mejor eficacia para la clonación posterior. 05 Eva Green
Eva Green es un tinte verde fluorescente que se ha encontrado que inhibe la PCR en menor medida que otros tintes. Esto lo hace muy útil para aplicaciones como PCR cuantitativa en tiempo real. También es una buena opción si está usando geles de bajo punto de fusión para la recuperación de ADN. Es muy estable a altas temperaturas y tiene muy baja fluorescencia por sí misma, pero es altamente fluorescente cuando se une al ADN. También se ha demostrado que Eva Green tiene muy poca o ninguna citotoxicidad o mutagenicidad.